События происходят в далёком будущем, в момент, когда с крушения Солнечной системы прошло более десяти веков. Человечество было вынуждено просто сбежать с прежнего места жительства, и теперь постоянно находиться в поиске новой обители. Люди перемещаются в необъятном космосе на огромных космических посудинах. Одним из таких является корабль под названием Сидония. Одновременно с главной миссией, найти новое место, пригодное для обитания, жильцы космического судна обязаны бороться от монстров – Гаунов.
Пришло время для знакомства с главным героем – Нагатэ Таникадзе. Парень был рождён уже на корабле, и всё время проводил асоциально. В его семью входил лишь дедушка. Дальше разворачиваются грустные события: дедушка умирает, запасы кончаются. Юношу отправляют на поиски еды. В ближайшем времени Нагатэ становится пилотом, а в напарницы ему достаётся курсантка Сидзука.
