Далёкое будущее. Человечество бежало с Земли на корабле-мире «Сидония», спасаясь от пришельцев-Гауна. Изгнать людей с их родной планеты Гауна показалось мало, и они продолжают преследовать «Сидонию» в надежде на полностью истребить человечество. Последним рубежом обороны стали пилоты, управляющие роботами-Стражами. Но угроза слишком сильна и пилотов день ото дня становится всё меньше и меньше.
Предчувствие неизбежного поражения толкнуло учёных на создание гибрида между человеком и Гауна, получивший имя Цумуги. Оно, а также один из лучших пилотов Нагатэ Таникадзэ, смогли переломить ситуацию, но Совет Корабля, испугавшись чуждого им создания, пытается вставить палки в колёса. От разрешения этого конфликта во многом зависит, смогут ли люди отстоять своё право на существование.
